C'est au printemps 1691 que l'ingénieur Ferry, sur ordre de l'intendant Begon, commence les travaux du fort Chapus, voulu par Louvois.
Rapidement, il constate que le rocher sur lequel il doit asseoir les fondations de l'ouvrage n'est en fait que "demy-rochers et coquillages pourris servant de croute à la vase qui est en-dessous."

Le Roi portant un interêt tout particulier au chantier, les ouvriers travaillent jour et nuit, à la torche, profitant de toutes les marées basses. Les fondations sont terminées le 20 octobre.

A la mort de Louvois, en 1692, Vauban reprend le projet à son compte. Il modifie les plans et les remplace par ceux du fort modèle qu'il a conçu dans un souci d'économie budgétaire. Deux autres forts de ce type subsistent encore: un à Toulon, et l'autre en Bretagne. Cette technique lui permet en outre de mieux contrôler les travaux à distance.

Le fort est achevé en 1694. A cette occasion, Louis XIV fera frapper une médaille commémorant la construction qui porte l'inscription "Arx Chaputiana - 1694 - securitas littorum" Il marque ainsi l'achèvement de la fortification des frontières du Royaume, commencée en 1668.

Le fort sera réparé une première fois en 1875, subira une attaque aérienne en 1945, puis sera finalement classé monument historique et totalement restauré. Il abrite maintenant un musée de l'ostreïculture.